سازمان تجارت جهانی برای دستیابی به موافقتنامه‌های مورد تایید اعضا و نیز نظارت بر حسن انجام آنها از وجود ارکان مختلف تصمیم‌گیری، نظارتی، اجرایی و حقوقی بهره می‌برد. این ارکان عبارت‌اند از: کنفرانس وزیران، شورای عمومی، رکن حل اختلاف، رکن بررسی خط مشی تجاری و شوراها.

 کنفرانس وزیران

کنفرانس وزیران بالاترین رکن سازمان تجارت جهانی است و نمایندگان همه اعضا را دربر می‌گیرد. اختیارات کنفرانس وزیران عبارت است از: محقق ساختن کارکردهای سازمان، اتخاذ اقدامات لازم در این راستا و تصمیم‌گیری در زمینه توافقنامه‌های تجارت چندجانبه در صورت درخواست هریک از اعضا.

شورای عمومی

شورای عمومی ، عالی‌ترین رکن تصمیم‌گیری بعد از کنفرانس وزیران در سازمان تجارت جهانی است که درباره موضوعات روزمره و کارکردهای این سازمان نظر می‌دهد. مقر این شورا در ژنو قرار دارد و معمولاً هردو ماه یک بار تشکیل جلسه می‌دهد. شرکت‌کنندگان در جلسات شورای عمومی را نمایندگان همه اعضا (معمولاً سفرا یا معادل آنها) تشکیل می‌دهند. شورای عمومی مستقیماً به کنفرانس وزیران گزارش می‌دهد.

رکن حل اختلاف

ممکن است یک دولت عضو سازمان مدعی شود که عضو دیگری معاهده یا تعهدی را برخلاف مصالح وی نقض نموده‌است. در چنین شرایطی، شورای عمومی به‌عنوان رکن حل اختلاف تشکیل جلسه می‌دهد.

رکن بررسی خط مشی تجاری

شورای عمومی، همچنین می‌تواند به‌عنوان رکن بررسی خط مشی تجاری تشکیل جلسه دهد. این رکن ریاست، قوانین و رویه خاص خود را دارد و به تجدیدنظر در سیاست‌های تجاری اعضا برای آماده کردن آن در مکانیزم بازنگری در سیاست تجاری می‌پردازد. در ابتدای هرسال ریاست و دو معاونت این رکن از بین اعضا برای یک سال انتخاب می‌گردند.

شوراها

شوراها برای اجرای وظایف سازمان تجارت جهانی و عموماً زیر نظر شورای عمومی تشکیل می‌شوند. این شوراها به‌صورت تخصصی وظیفه بررسی و تدوین موافقتنامه‌های عمومی را بر عهده دارند. این شوراها عبارت‌اند از:

 1.شورای تجارت کالا: شورای تجارت کالا وظیفهٔ بررسی و نظارت بر موافقتنامه‌های چندجانبه مربوط به تجارت کالا را برعهده دارد. سیزده موافقتنامه در زمینهٔ تجارت کالا به امضای اعضای سازمان تجارت جهانی رسیده‌است که مهم‌ترین آنها، موافقتنامه عمومی تعرفه و تجارت و توافقات مربوط به آن می‌باشد.این شورا ۱۰ کمیته دارد که هرکدام در زمینه خاصی فعالیت می‌کند (مانند کشاورزی، دستیابی به بازار، یارانه‌ها، اقدامات ضدفروش زیر قیمت تمام شده و غیره).

2.شورای تجارت خدمات: بررسی و نظارت بر موافقتنامه عمومی تجارت خدمات برعهدهٔ شورای تجارت خدمات است. شرکت در این شورا برای تمام اعضای سازمان تجارت جهانی آزاد است. کمیته خدمات مالی، کمیته تعهدات مشخص و گروه‌های کاری آیین نامه‌های داخلی و قواعد موافقتنامه عمومی تجارت خدمات، جزو ارکان متمم حاضر در این شوراست.

3.شورای جنبه‌های مرتبط با تجارت حقوق مالکیت فکری: حقوق مالکیت معنوی، حقوقی است که افراد به‌واسطه خلق اندیشه‌ها و ایده‌ها از آن برخوردارند. این شورا وظیفهٔ بررسی و نظارت بر کارکردهای موافقتنامه‌های مربوط به مالکیت معنوی را برعهده دارد.

4.کمیته‌ها و سایر بدنه‌های متمم:

سه کمیتهٔ اصلی در سازمان تجارت جهانی وجود دارد:

• کمیته تجارت و توسعه

• کمیته محدودیت‌های تراز پرداخت‌ها

• کمیته بودجه، مالی و تشکیلاتی

وظایف این کمیته‌ها بر مبنای موافقتنامه‌های تجاری چندجانبه و مصوبات شورای عمومی تعریف می‌شود. عضویت در این کمیته‌ها برای تمامی اعضای سازمان تجارت جهانی آزاد است.

همچنین کمیته‌های تجارت و محیط زیست و موافقتنامه‌های منطقه‌ای تجاری نیز زیر نظر شورای عمومی فعالیت می‌کنند.