بانك توسعه اسلامي از لحاظ ساختار اداري داراي دو نهاد اساسي مي باشد.

 اول: هيأت عامل (Board of Governor) كه عالي ترين ركن بانك است و سالي يك بار به منظور تصويب عملكرد، صورتحسابهاي مالي بانك و ترسيم خط مشي آتي آن تشكيل جلسه مي دهد. هر كشور عضو بانك در هيأت عامل داراي يك نماينده و يك نماينده علي البدل است. نماينده ايران، وزير امور اقتصادي و دارايي و نماينده علي البدل آن رئيس سازمان سرمايه گذاري و كمك هاي اقتصادي و فني ايران است.

 دوم: هيأت مديره اجرايي (Board of Executive Diretors) كه مركب از چهارده عضو است. هفت عضو آن توسط هفت كشوري كه داراي بالاترين سهام در بانك مي باشند (عربستان سعودي، ليبي، كويت، ايران، مصر، تركيه و امارات متحده عربي) منصوب و هفت عضو ديگر آن از ميان ساير اعضا (براي مدت سه سال) انتخاب مي گردند.

تصويب عمليات و پروژه ها و هدايت امور اجرايي بانك برعهده اين هيأت مي باشد و امكان تجديد انتخاب آنها نيز وجود دارد. مهدي كرباسيان در حال حاضر نماينده كشور ايران در اين بانك مي باشد.

رئيس بانك به عنوان مديرعامل بانك توسط هيأت عامل براي يك دوره پنجساله قابل تمديد انتخاب مي گردند. احمد محمدعلي از عربستان در حال حاضر رياست بانك را برعهده دارد.